1. 配布サイトからプラグインをダウンロード。
2. 解凍したファイルを/wp-content/plugins/の中にアップロード。
3. Wordpressの管理画面＞プラグインから「My Category Order」を有効化。
4. 管理画面＞管理＞My Category Orderのページで、希望の並びに設定する。
5. ページ下部の「Click to Order Categories」を押すと設定完了。

表サイト上で、設定が反映されていない場合は、テンプレートphpのタグを書き直す。例として、nagapp.comのサイドバーにある表示形式だと下記タグになります。